Academic Paper Search

给 Codex、Claude Code 和 DeepSeek Harness 使用的文献检索与引用核验工具。

用中文描述研究问题，跨学术数据库找论文、去重、核对引用，导出文献管理器可用的文件。

快速开始 · 中文场景 · 工具与命令 · 批量工作流 · 数据源 · 常见问题

可选配套服务：WPIRONMAN AI 中转 提供可选模型入口，不是论文来源。学术源检索、元数据核验和引用下载不需要配置中转。

这是什么

本项目帮助科研用户完成可复现的文献检索、核验与引用导出。核心流程是 检索 → 去重 → 核验 → 导出；需要扩展阅读时，可以从种子论文追踪参考文献和后续引用。

安装标识仍为 nature-academic-search，展示名称为 Academic Paper Search。 名称中的 nature 不限制检索范围，也不表示与 Nature Portfolio 有官方关联。

组成	做什么	什么时候需要
Skill	指导 AI 拆解问题、选数据库、核对字段、报告来源与缺口	希望直接用自然语言安排检索任务
MCP 服务	提供 4 个工具，实际查询学术 API、解析标识符、生成引用、查 MeSH	让 Codex、Claude Code 等客户端调用工具
CLI	在终端运行连通性检查、引用下载、YAML 工作流；源码版另有 search / verify	批量任务、脚本调用和本地调试

默认论文源为 CrossRef、PubMed、arXiv、OpenAlex、Europe PMC； Semantic Scholar 按需启用，ClinicalTrials.gov 单独用于试验注册检索。

flowchart LR
    Q[研究问题] --> P[英文关键词 / MeSH 检索式]
    P --> S[多源检索与去重]
    S --> V[标识符与字段核验]
    V --> E[引用文件与核验记录]
    S --> G[可选：上下游引文图谱]

你会得到带来源的候选论文、字段级核验结果、可导入 Zotero / EndNote 的引用文件， 以及查询参数、时间、失败来源等审计信息。保存这些记录可以复查一次检索；上游数据持续更新， 同一检索式日后重跑不保证返回完全相同的结果。

30 秒开始

以下面向已装好客户端和 Python 工具的用户；首次安装依赖、下载运行环境可能需要更久。

1. 准备环境

• Python 3.10+，以及 uv（插件通过 uvx 启动服务）。
• Codex 或 Claude Code；选择自己实际使用的客户端即可。
• 一个用于 PubMed 请求的联系邮箱。把示例邮箱替换成自己的地址，并让启动客户端的环境能读取它：

export PUBMED_EMAIL=researcher@example.com

下列终端示例使用 Bash / Zsh 语法。桌面客户端未必继承终端里的 export，见常见问题。

2. 安装插件，二选一

Codex：

codex plugin marketplace add wp-a/nature-academic-search
codex plugin add nature-academic-search@wp-a-academic-tools

Claude Code：

claude plugin marketplace add wp-a/nature-academic-search
claude plugin install nature-academic-search@wp-a-academic-tools

插件同时提供 Skill 和 MCP 配置。安装后开启新会话，让客户端加载工具。 Codex 的市场命令见官方说明； 若本机没有 plugin 子命令，可使用下方的 Python 包安装方式。

3. 检查连接，发起第一次请求

uvx --from nature-academic-search==0.3.1 nature-academic-search preflight

检查报告中的 OK、FAIL、SKIP，再复制下一节的请求到客户端。 preflight 检查学术 API 的连通性，不代表客户端已加载 MCP；也不保证每次检索都成功。

其他安装方式：Python 包、源码版、DeepSeek Harness

Python 包 / 手动注册 MCP

uv tool install nature-academic-search
# 也可用 pipx install nature-academic-search

# 先预览，再注册自己使用的客户端
nature-academic-search install --client codex --email researcher@example.com --dry-run
nature-academic-search install --client codex --email researcher@example.com
nature-academic-search preflight

--client 可选 codex、claude、both；仅当两者都已安装时使用 both。 安装器复制 Skill，并通过客户端 CLI 注册 MCP；会更新所选客户端中已有的同名注册。 已经通过插件安装的用户通常无需再重复注册。只用终端时，跳过 install --client 即可。

源码版：使用本次 0.3.1 修复与 search / verify 命令

git clone https://github.com/wp-a/nature-academic-search.git
cd nature-academic-search
uv tool install --force .
nature-academic-search --help

也可从仓库一次完成源码安装和客户端注册，按需将 both 改为 codex 或 claude：

bash install.sh --client both --email researcher@example.com
# 兼容旧用法：bash install.sh researcher@example.com

版本说明： 0.3.1 包含 CLI search / verify、自动 workflow 核验和筛选导出修复， 包版本和本仓库插件配置统一为 0.3.1。旧 PyPI 0.3.0 不包含这两个 CLI 命令， 也没有本次 workflow 修复。升级 CLI 可运行 uv tool upgrade nature-academic-search； 插件用户还需更新插件并开启新会话，仅升级 CLI 不会改变已安装插件的固定运行时。

DeepSeek Harness